陳明通在立委馬文君詢問下，解釋相關疑慮。不過外交國防委員會的國民黨籍立委仍聯署臨時提案，指陳明通沒在第一時間交代清楚400萬疑雲，讓國人質疑其操守是否經得起社會檢驗。提案還指出，過去國營航空被迫購買波音787，陳明通在立法院公開說謊，8月對岸大規模軍演期間未見陳明通積極處置兩岸危機，卻全力幫林智堅論文抄襲醜聞多次發文護航，要求他立即針對收受陳榮泉捐款400萬一事主動說明。
這讓陳明通再度回應，強調他當時擔任台大中國大陸研究中心主任時，為了維持營運去募這個錢，直指跟林智堅一點關係都沒有，自己也不是透過林志堅去認識這個人。陳明通還補充，在中國大陸研究中心募的款，不只這些，還有很多企業也願意捐助，因為他們覺得大陸研究中心對推動兩岸談判團隊非常有意義。陳明通重申，裡面任何一毛錢都是在學校要求能夠動支項目才能動支，比如做民調、公開招標，所有程序都是合法。
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