總統府網站上的國旗圖樣，因為與制式的比例不同，被藍營拿出來做文章。國民黨中央動員台北市國民黨議員，緊咬總統府違反國旗法，要求柯市府糾正總統府。不過綠營反嗆藍軍，不懂網頁設計的創意，總統府更是懶得回應。

台北市國民黨議員鍾小平，拿著總統府網頁的國旗LOGO，大罵總統府花了500多萬招標，6月份才更新的新網頁，上面的國旗卻不合比例，違法國徽國旗法。但台北市議員洪健益回嗆，一個國旗的介紹網頁也要考慮美感，而且馬英九在任時製作許多周邊商品，如圍巾、帽子等，真的有符合比例嗎？更說國民黨忙著救災的同時，不要無聊的表示這些意見。

綠營嘲諷藍軍不協助救災，只會挑網頁設計的小毛病，洪健益拿著手機，秀出國民黨之前販售的國旗周邊商品，圍巾帽子上的國旗圖案也配合設計，還做著飄揚的樣式，是否也違反國旗法呢？不過藍營聽不下去，拿國旗法第4條的規定。

指出正式國旗，旗面長寬比3:2，青天面積佔1/4，而總統府網頁上的國旗圖案狹長，青天面積不到1/4，國民黨團強硬力促柯市府，要求糾正總統府。對此台北市議員高嘉瑜反批，國民黨口口聲聲說在乎國旗的大小規格尺寸，可是面對中國的時候，卻完全不敢提到國旗，也不敢拿出國旗，這樣的國民黨這樣的批評，並沒有任何的意義。