民眾黨在官方臉書呼籲，撤換疫情指揮官，因為陳時中和行政院長蘇貞昌對武漢包機的意見相左，顯示指揮官的矛盾之處，建議改由蘇貞昌親自指揮，這引發外界質疑民眾黨操作"政治鬥爭"。對此，台北市長今天表示，有打電話告訴黨團，如果蘇貞昌跟陳時中意見不一樣的話，黨團應該要求他們討論完再一起對外宣布就好，「不能說一道菜不喜歡整個換掉，我們還是擁護中央政府。」
民眾黨在臉書呼籲撤換指揮官陳時中，引發議論，前蔡英文競選發言人廖泰翔批評這是司馬昭之心，「現在是防疫優先還是政治優先」，立委蔡易餘也在臉書聲援「我繼續順時鐘，防疫緊要關頭不能陣前換將！」立委林俊憲甚至質疑，「這種換法，叫袁崇煥。嚷嚷袁崇煥的不是，是為了讓清兵衝破山海關。疫情正緊迫，這時高聲大扯換陳時中，是在幫中共還是病毒，讓台灣失守？」
