陳子瑜指出「日本疫苗今天來台，幾個很有趣的數字」，他指出運送日期為6/4，航班編號JL809，合併再一起就是8964，暗指是中國六四天安門的發生日期，1989年6月4日；他認為「這樣的安排是刻意的還是巧合？官方一定不予置評，不過，不要忘記幕後推手安倍晉三跟謝長廷，兩個人都是幽默風趣的個性。換句話說，就是諷刺高手」。
他批評「中國歷來就經常用煽動國內民粹，來打壓日本和台灣，這一次要不是同樣擔心中國介入，也不會保密到家」，認為「從5月24日到6月4日，大約10天左右，能夠搞定第一批124萬劑疫苗來台，而且後續還有。這種驚人的效率，不只是台日美三方的積極推動，更有著要對中國出一口氣的意味在」，並以一句話分析本次疫苗背後的政治意涵為「日航JL809班機，6月4日載送的象徵日台友好的124萬劑疫苗，從東京起飛，抵達台灣桃園機場」。對此，不少網友留言「以日本人龜毛的個性，10天能搞定真的能看出對台灣的重視，真心感謝」、「沒有直接送426萬支，已經很客氣」、「京都人就是懂酸」。
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