中央流行疫情指揮中心表示，近三年來，防疫經費主要來源為8,400億之「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算(下簡稱特別預算)」，而特別預算將於本(111)年底用罄，相關防疫需求必須回歸編列一般公務預算來支應。
指揮中心提到明年（112年）疫情無法預測，疫苗、藥物、治療跟防疫物資等均須做適當之準備，故於明年編列COVID-19防治經費845億元，尚較本年度防疫經費(總計943億元)減少98億元。
指揮中心進一步說明，本年度衛生福利部用於COVID-19之防疫經費共943億元，包括疾病管制署的嚴重特殊傳染性肺炎防治預算187億元，及特別預算756億元。由於特別運算將於本年底用罄，相關防疫需求必須回歸編列一般公務預算來支應，故於明年度將原納編於特別預算之抗病毒藥物、疫苗、倉儲管理及物流、以及確診個案之隔離治療費用等須持續辦理之防疫必要支出845億元，改納編明年度總預算。
指揮中心指出，因明年度疫情無法預測，藥物、疫苗及物資等各項防疫整備工作仍須做最完善的準備，故依法編列預算分支計畫及相關會計用途科目，而無論是特別預算或一般公務預算，均經過立院審議與監督，並無防疫預算暴增情事。
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