高虹安遭爆在資策會違法兼職，高虹安先前強調，長官知情，被對手批評，模糊焦點答非所問，因為重點應該是高虹安有沒有向資策會報備。旅美教授翁達瑞也建議資策會，要釐清論文爭議，應該直接到美國提起版權訴訟，再讓美國的機構來收拾高虹安。
資策會今提出聲明指出，有關高委員任職本會期間涉及兼職疑義，經查，高虹安任職本會期間並無兼職申請與核准記錄。資策會自2002年起即訂有同仁會外兼職辦法，且自2006年兼職申請已電子化，同仁兼職皆須於線上提出，核准之兼職記錄可於系統查詢。
資策會提到，科智企業股份有限公司（科智企業是資策會2013年12月創業星光計畫獲勝團隊衍生公司之一，高虹安亦為該團隊成員）該計畫是為鼓勵本會研發團隊Spin off以利科專技術為產業所用。
科智企業亦於2014年3月登記成立團隊成員，並於2014年11月到12月間領取星光計畫創業獎金。資策會於衍生公司草創初期，仍會持續給予衍生公司協助，包含業務、行政事務支援及活動推廣等，以扶植衍生公司營運漸上軌道，所以高虹安亦因此協助科智企業於2014年11月參加Intel Global Challenge競賽 。
資策會表示，經查，團隊主要成員陸續離職加入科智企業，不過高虹安最後並未隨其他同樣領取創業獎金之團隊成員離職至科智企業任職而留任資策會，且於協助科智企業期間，亦未向資策會說明係於上班或下班時間處理科智企業業務、是否因兼職領有報酬及所投入工時等，資策會無從核准高虹安任職科智企業業務處處長情事。
資策會表示，高虹安在未申請且經本會核准兼職情況下， 陸續以科智企業業務處，處長身分出席2015年10月Frost & Sullivan Taiwan年度M2M 競賽、參加2016年6月台北國際電腦展、2017年8月的商機媒合會等活動應已違反資策會兼職規定 。
資策會說，執行長卓政宏於就任時即辭去所有營利事業職務，之後於資策會任職期間之兼職都是非營利機構或公益團體的董監事而非經理人，且均符合本會相關兼職規範，並經董事長核准 。
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