有關媒體報導，日本早知新註冊的程序，我國政府怠政一事，經濟部國貿局嚴正澄清，在中國公布此一新制草案時，經濟部即徵詢食品相關公會意見，再與其他WTO會員在相關委員會提出意見，但中國仍執意執行該規定。
經濟部說到，政府跨部會也陸續協助我國業者，透過食藥署食安平台提交註冊申請及進行補件，更委託具食品專業背景之機構進行業者實地查核及輔導，積極協助輸中食品企業遞件達3000多件。
經濟部強調，此案明顯為中國對台灣不公平貿易、歧視性待遇的做法，國內應團結對外，而不是反而指責受害者為何不配合無理要求。各項事實都很清楚，例如，其他國家的申請期限是到2023年6月30日，只有台灣的期限是今年6月30日，也就是說，所謂台灣應變晚於其他國家的說法並不正確，事實上是台灣比其他國家的期限更早。
經濟部說到，此外，其他國家都可以用網路申請，中國卻技術性使台灣只能以紙本申請。同時，在紙本申請時，填報項目包括「原料/配料名稱」、「該原料/配料在產品中占比」，更引起部分食品業者擔心配方秘密洩漏的問題。
經濟部指出，中國雖於去年4月公告規定，但於10月才週知各國執行作法，我國食藥署透過兩岸協議食安平台接獲中方通知後，行政部門立即以設立專區、專線、專人等方式，協助個別業者遞件達3000多件。經濟部也舉辦說明會使業者瞭解註冊程序，並蒐集糖餅麵公會、罐頭公會、保健食品公會等相關公協會、食品加工及進出口業者意見。
經濟部提到，為協助業者分散市場，經濟部國際貿易局推動臺灣食品全球GO計畫，協助我食品業者於歐、美、亞等17國市場通路銷售，截至12月10日止，計協助1,696家次廠商，為我商爭取新台幣17.5億元商機。
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