全案緣於，彭文正質疑蔡總統學歷，向台北地方法院提起「確認博士論文不存在之訴」，北院一審認定，彭文正僅就蔡總統是否取得博士學位的事實請求確認，而非請求確認法律關係，不符民事訴訟法要件，予以駁回。彭文正不服，提起上訴。
台灣高等法院認為，原審「未盡闡明義務，不經言詞辯論，就以判決駁回」訴訟程序有重大瑕疵，將原判決廢棄，發回北院更審。北院更一審重新分案，仍由一審的法官張詠惠為受命法官，今宣判彭文正敗訴，可上訴。
更一審判決理由指出，彭文正提告論文存在確認之訴，並非是構成刑事誹謗的基礎事實，僅為推論博士學位是否存在的單純事實，因此並無確認利益，予以駁回。且民事訴訟法247條第2項規定，確認之訴的法律關係基礎事實與否，必須以原告不能提起他訴訟者為限。
審理時法院曾當庭勘驗蔡英文的博士論文，法院指出，該論文紙張外觀呈現泛黃、成舊，應是年代久遠，雖然散裝形式與正式論文應裝訂成冊樣式不符，難以認為是蔡英文當初提交給校方審核的正式合格論文，不過可認為是出自1983年製作的論文原稿，應為可信。
且蔡英文1980年至1984年的學位歷程，從提出研究計畫到完成口試程序，皆有向法院舉證；倫敦政經學院也在1984年2月6日正式寄發博士學位通知書，通知書上記有論文題目、專業領域及通過博士考試，獲頒博士學位等內容，被法院認為足以採信
法院指出，縱使倫敦政經學院等圖書館並沒有收藏論文，但這是圖書館保存問題，無法逆向推論蔡英文是否曾交付論文，或將保存責任歸責於蔡英文。彭文正的律師則表示一定上訴。
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