林智堅被調查官余正煌指控抄襲論文，涉侵害著作權。陳明通今日委託律師陳昱龍發表聲明書，以及「2016年2月1日林智堅研究計畫、2016年3月8日余正煌研究計畫、2016年7月21日余正煌碩士論文對照表」表示，在研究設計方面絕大部分都來自前新竹市長林智堅當年2月1日的內容。
對於陳明通的聲明，余正煌也提出6點澄清如下：
一、余正煌之碩士論文均為自行撰寫完成，故不存在任何部分為抄襲林智堅所稱「公版」之情形。
二、林智堅所主張之105年2月1日所撰寫之文字，均為余正煌所撰寫後交給陳明通，然為避免被他人抄襲而將以APA註釋部分移除，故林智堅105年2月1日所稱之初稿，均無任何APA註釋。
三、陳明通於112年1月12日所聲明稿，稱「只是余正煌增加一點文獻檢討，並引註」云云，純屬無稽。蓋凡寫過文章及論文者均知，一篇沒有任何註釋的文章，是不可能知悉該段文字之出處，更不可能大海撈針地把引用文章找出來，此乃常識問題,不懂身為一個教授、且貴為國安局長之人，竟然提出此種看法。
四、陳明通為本案利害關係人，更事涉自身退休前擔任台大教職之正當性，本應尊重台大內部調查，並靜候法院審理釐清，自不應為左袒林智堅，一再書立聲明稿、透過媒體放話，而有失身為人師應有之風範格調。
五、退萬步而言，倘陳明通主張105年2月1日來源為陳明通撰寫之「公版」，而此「公版」整篇欠缺註釋下，身為台灣大學資深教授，非自認大量抄襲其他學者之著作而未有引註，如此說法顯然荒謬至極。
六、另，陳明通身為國安局長，在國際情勢動盪、兩岸情勢不穩，卻以私害公為了林智堅的論文，傾全力對付余正煌,恐與身兼國安局長重責大任有違，務請三思。
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