二位監察委員重新調查該案後，揭開過去情治機關在偵查過程中介入辦案、袒護黑道、操弄媒體以掩蓋真相的種種過程，本次調查還約談了曾參與林宅血案現場鑑識的前台北市鑑識中心主任謝松善，並發現行兇者並非如官方所宣稱的「非熟練犯罪者所為」，相反的是，兇手在兩個姊妹的肺部各刺一刀且「一刀斃命」，兩次下刀還在相同位置上，並在行兇過後將案發現場的兇刀、血衣帶走，可見行兇者是有預謀且非常專業。
蔡崇義還指出當時的刑案偵辦小組，受到情治機關重重妨礙的狀況，他表示，明明倖存的林義雄女兒林奐均已經畫出凶嫌的具體畫像，情治機關卻拒絕讓專案小組使用畫像追查兇手；並且警方就連掌握到關鍵線索要出動扣押關鍵證物，都要經過由情治機關主導的「三０七會報」核准，但等到3天後核准通過時，關鍵證物早已全被銷毀。
蔡崇義指出， 案發後命案現場採得可疑指紋12枚，迄今仍有1枚指紋未比對出相符者，其實過去每個男生當兵都必須留下指紋資料，他表示，應以現代科技，繼續追查命案的線索。
蔡崇義表示，該案還有其他重要的疑點，例如：「林義雄的好友家博（澳洲籍政治學者Jeffrey Bruce Jacobs）教授，與林義雄雙胞胎聊天的關鍵電話紀錄被隱匿，究竟是何人所為」、「警總明明掌握了當日的監聽錄音帶，又是何人下令不准播放兇嫌的聲音，並銷毀證據」、「解密檔案發現了情治系統長期利用黑道分子施暴黨外人士，這樣的常態狀況又是否與林宅血案有無關連」、「林宅血案是否可能為情治系統為報復『林義雄遭刑求』訊息外洩而發生的兇案」。
蔡崇義、范巽綠共同指出，此次調查仍因為資料不完整，需要政府更坦承的公布資料，尤其是警總裁撤後，行政部門更宣稱查無林宅血案等政治檔案。二位監委呼籲行政部門應該徹底釐清這些檔案的去向，並對檔案管理不周的相關人員究責。此外，他們也呼籲，國安局盡速將相關檔案解密並移交國家檔案局管理。
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