林媽利和Jean Trejaut的研究〈Diversity and distribution of mitochondrial DNA in non-Austronesian-speaking Taiwanese individuals〉刊登於期刊《Nature》。研究分析了來自16縣市767名非南島語使用者的粒線體DNA，發現了31個台灣專屬的血緣，也推測出這些人的祖先最早可以追溯到5000多年前，表明了台灣非南島語族定居台灣的時間遠遠早於唐山公。
為什麼用粒線體DNA進行研究？
林媽利接受《民視快新聞》專訪時表示，每個人身體細胞都有粒線體，粒線體是母系遺傳，粒線體DNA中1萬6000多個鹼基對，若序列改變也許就是一個新的血緣形成。
非南島語系台灣人約佔98% 荷蘭人來台前就有許多人在平地定居
林媽利說明，南島語系就是台灣原住民是講南島語約2%；剩下是講漢藏語語系，包括閩南話、客家話還有中文，這叫做非南島語系約佔98%，國內外都有很多關於台灣原住民的研究，但台灣非南島語系的人很多，很多台灣人是土生土長的台灣人，他們祖先從哪裡來？因此進行了研究。
林媽利指出，台灣有很多波的移民，從熱蘭遮城歷史就可以看到荷蘭人來台灣時後就發現有很多台灣人，那就是原來的台灣人，不是高山原住民而是住在平地，有上百個、上千個社，且一個社可能多達有幾百人。
台灣人祖先最早可回推到5000年前 「遠早於唐山來台時期」
林媽利進一步說明，鄭成功當初帶了約3萬多人來台灣，但敗給清朝後加上親屬共4萬多人全部回到了中國，「所以這批人後來應該是沒有留在台灣」；之後面臨海禁時期，所有人不可以進來，海禁解除在1820後才有一些人來，但直到第二次世界大戰前才有比較多一點人進來；然後1947年蔣中正帶了100多萬人來台。
林媽利表示，這次研究都是找荷蘭人來台灣時就看到的人的後代，研究發現其實這些人的祖先遠遠早於唐山公來台時期，這些人中的祖先1/3是來自北亞洲包括南韓、日本、滿州、華北；2/3來自中南亞包括長江以南的中國南方，還有中南半島的越南、泰國、印尼、菲律賓。
林媽利說，這些人遷移來台灣一段時間後在遺傳過程就會發生一些突變，就發展成為新的台灣血緣，研究共找到31個台灣獨有的血緣，且推測這些人的祖先最早可能是5000年以前就來台灣，不過近1000年到2600年之間最多人移民來台。林媽利指出，那時候剛好是南中國海地方海上貿易流行，事實上越南、泰國、菲律賓3500年前古代遺址就可以挖出台灣的花蓮豐田玉，所以表示那時候台灣人可能已經到那裡了。
發現台灣專屬的血緣 林媽利：台灣是我們的故鄉了，我們的祖先就是在這裡
林媽利強調，從現在的人粒線體DNA研究血緣，就可以知道母系血緣是不是只有台灣有，這31個是在國際上新的血緣，是屬於台灣的血緣，並從新的血緣計算到底在台灣發展多久，並推測祖先多久前到台灣，也可以知道血緣的源頭來自北亞、中亞或南亞。
「台灣的血緣是多元的」，林媽利說，台灣母系就是這樣子，不是跟著鄭成功來的，也不是唐山，而是很久以前就有人來了，「台灣是我們的故鄉了，我們的祖先就是在這裡」。
林媽利也提及，新的血緣讓台灣人更多元，從血緣推測大概有3/4的祖先是最近1000年的，裡面就可能有唐山公，但比例不會很高，因為其中1/3來自北亞，2/3是中南亞，然後中南亞還包括印尼、菲律賓、泰國，所以其實唐山公沒那麼多，而是四面八方的亞洲人來到台灣。
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