據週刊揭露報導指稱，投訴者稱，賴智明與畢業於國防大學資決所的吳姓女海軍少校，發生婚外情，彼此甚至還在桃園共築愛巢，大談不倫戀。2018年吳女就讀國防大學前間，在賴智明的照顧下，不但能掛名論文的共同作者，甚至還動用關係，讓吳女順利錄取清大博士班，盼她在畢業後能重返國防大學任教。
對此，賴智明受訪時駁斥，「我在2年前離婚，目前是單身狀態」，相關報導是遭人抹黑。不過，投訴者指證歷歷稱，賴在去（2022）年8月時，身分證顯示還是已婚，雙方說法兜不攏。
國防大學今日上午10時45分發出新聞稿表示，針對週刊報導「管理學院所長肇生男女不當關係乙情」，國防大學已成立專案小組啟動調查，並先暫停賴姓所長職務。
國防大學強調，後續將秉「毋枉毋縱」原則釐清案情，如確涉有不當，將依規定辦理，絕不寬貸。
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