針對水源自辦農村重劃案，邱顯智認為，該重劃案疑點重重，且建商常利用虛灌人頭等方式，取得籌劃會主導權，再進一步參與利得分配，因此應公辦，才是正本清源解決之道，杜絕類似紛爭。
至於寡婦樓一案，邱顯智指出，當時寡婦樓在深夜突然被拆已引起民眾憤怒，而在新竹市前市長林智堅、前代理市長陳章賢任內也通過綠資源審議會，但到了高虹安時代，半年內就進行第2到4次環評，甚至第4次環評還是「建議通過」，但當地環境是否能容納至少1千戶、13棟住宅仍有很大疑慮。
邱顯智表示，台灣無論是寡婦樓還是水源自辦農村重劃案等，機制都有待進一步從嚴審查，否則其背後利益太大且問題太多，容易遭人懷疑人謀不臧。
邱顯智指出，餽贈跟市府市長權力範圍內，包括重劃案、都更等，跟國家權力行使有無對價性是主要調查的點，在台灣貪污治罪條例中，對價性是法定構成要件非常重要的一點，因此他主張應通過不法餽贈罪及不法關說罪，在制度上做改變。
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