外交部說到，協助友邦人才培育向來是我國與巴拉圭兩國合作的重點領域，「台灣巴拉圭科技大學」即是雙方推動教育合作的重要計畫。依據合作計畫第一個5年期計畫（2018-2023），雙方協議由巴方負責興建校舍，我方則負責設計課程及派遣師資等。
外交部指出，目前兩國政府正協商台巴科大第二個5年期計畫（2024-2028），仍然由巴國政府自行負責覓地興建校舍，巴拉圭現任政府也已將興建台巴科技大學永久校址列為優先施政項目，盼於本屆政府任內加速完成校舍興建。
外交部表示，我方在推動本項合作計畫時，自始至終未曾承諾協助巴方興建校舍，巴方也清楚認知應自行負責該校校舍的興建。至於我方所負責的課程設計及派遣師資部分，均委託台灣科技大學辦理，未有任何經費交給巴國政府執行，過程完全透明。部分人士在未經查明實情的情況下，一再引用不符事實說法，質疑本項計畫經費去路不明，外交部無法苟同這種幾近污衊外交部、打擊友邦的做法，對此也表示遺憾。
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