數發部今發布新聞稿嚴正澄清，對於國民黨立委徐巧芯指稱本部1.5年花4億元於辦公室，實乃扭曲誤導！數發部指出，臨時辦公室租約自2024年起，6年總租金共2.9億元，每月每坪租金約2,492元，與台北市商辦主要路段2023年上期租金每坪2,870元相較，尚屬合理。另辦公室改裝經費，主要為加裝視訊設備，以符合外界多以視訊方式參與國際會議之期待，相關預算均為公開資訊，且業經立法院交通委員會朝野立委審查，及當時立院民進黨、國民黨、民眾黨、與時代力量的朝野政黨協商，達成共識後經三讀通過。
數發部說明，本部成立初期因無適當集中的辦公空間，因此分三處辦公。一為國家通訊傳播委員會騰讓之延平南路辦公室，但該空間侷促無法容納全員；經國有財產署盤點，確無適合之國有房地可供使用，因此當時由行政院以公開徵求勘選之採購程序辦理招標，共計2家廠商投標。
數發部指出，其中以新光人壽報價較低，經議減決標承租於新光大樓部分樓層，現為本部部分單位及數位產業署辦公室使用，另本部資通安全署則續留行政院辦公。在2023年租約結束前，因國產署尚無適合之國有房地可供本部使用，且考量永久辦公廳舍興建時程，故本部依採購程序續租該辦公室（租期自2024年1月1日至2029年12月31日止，免租金3個月）。
數位部積極尋找永久辦公廳舍，行政院原規劃「華光特二」基地興建聯合辦公大樓，由公共工程委員會、通傳會與數位部等三個部會進駐；但行政院今年1月召開辦公用地相關會議，已決議規劃數位部改與其他部會共同進駐「行二行三」用地。 不論是原本的「華光特二」或改進駐之「行二行三」，皆非北市府決定之東門市場中繼用地「華光特一」，沒有外界所謂與東門市場搶地或影響改建的情況。
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