綜合日媒報導，全日空一架飛往沖繩的航班在當地時間8時5分決定折返，另一架由福岡飛往沖繩的天馬航空（スカイマーク）航班也立即更改目的地，改為鹿兒島，返回時間尚未確定。日本國土交通省那霸機場事務所表示，自當地時間上午9時25分起，那霸機場停止所有民航機的起降，並要求機場內的旅客、職員和飛行員暫時避難至機場3樓以上的安全場所。
全日空和日本航空宣布，原定前往那霸、石垣島、宮古島等地的航班全部折返或改降於其他機場，由於宮古、石垣地區曾經發布海嘯警報，故前往沖繩、奄美大島等航班在3日上午全面取消。仙台機場亦受地震影響，當地時間上午11時55分起，原定飛往沖繩的航班已停止辦理登機手續。
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