農業部表示，針對媒體報導「雞蛋風暴後，進口蛋銷毀拖延，多花納稅人超過8000萬」一事，其內容不符事實；隨後指出，去年一整年專案進口雞蛋倉儲費用，除了過期蛋以外，也包含殼蛋、加工蛋品。其中農業部僅補助一半約4116萬台幣，剩下由財團法人中央畜產會自付4284萬；因此農業部表示，「並無報載多花納稅人8000萬之情事」。
農業部接著指出，2023年計畫補助財團法人中央畜產會，辦理過期進口雞蛋堆肥化處理，以有效利用作為有價堆肥，去年底就已決標；而相關作業已從今（2024）年3月11日啟動，原訂處理期程120日內完成，但為節省倉儲費用，農業部已督導畜產會加緊處理。目前，已經處理七成以上、共4234萬顆，因此期程目標已縮短；農業部提到，剩餘1346萬顆預計於4月下旬完成，目前正積極進行中。因此，關於報載7月才能完成，其實是錯誤訊息。
農業部表示，專案進口雞蛋政策，原是為了滿足民眾需求；但去年因許多錯假訊息造成進口蛋汙名化，也導致民眾對進口蛋消費需求下降，所以部會呼籲，請勿再用錯假訊息影響社會大眾的認知。農業部也提到，近期雞蛋產銷已經回復平穩，農業部持續輔導家禽、農民穩定雞蛋秩序生產，將兼顧國人雞蛋消費需求，加強供銷調度，以確保農民收益與消費者權益。
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