交通部今日透過新聞稿表示，交通設施部分將投入近40億元整建鐵公路系統，包括台8線東段（花蓮轄區）、台9線（蘇花公路）、台8線西段（台中和平區）道路、附屬設施及邊坡改善工程；台鐵列車地震預報資訊結合列車防護系統、地震警報器、宜蘭至花蓮路段軌道邊坡修復及增設明隧道、北迴線土石流災害防治工程等。
在民房災損安置部分，就花蓮縣政府公告配合安置受災戶的旅宿業者名單，補助旅宿業者提供住房費用，讓有需要的受災戶以月租方式免費入住，每戶以補助入住一房為原則，並以每月雙人房3.2萬元及每月4人房4.4萬元的原則採計。
在觀光振興措施部分，交通部觀光署推出旅宿業融資信用保證、自由行住宿優惠、團體旅遊補助、Taiwan PASS-台鐵通用版、台灣好行及觀巴擴大營運協助、鼓勵境外包機旅客赴花蓮旅遊、拍攝花蓮美麗安心旅遊宣傳影片及推廣、適時加開觀光列車等，投入經費逾13億元。
有關旅宿業融資信用保證，協助旅宿業順利取得資本性融資或周轉金的貸款。旅宿業可自受災日起1年內向承貸金融機構申請資本性融資及週轉金貸款；其中資本性融資部分，旅館每家最高3,000萬元，民宿最高400萬元；周轉金部分，旅館每家最高1,000萬元，民宿最高300萬元。
針對旅客自由行住宿優惠，交通部祭出補助住宿花蓮及台東合法旅宿，花蓮週一至週四入住每房補助1,000元，週五至週日入住每房補助500元；台東週一至週四入住每房補助1,000元。
至於團體旅遊補助措施，旅行業辦理2天1夜以上旅遊團（放假日不超過1日），每團20人以上，入住於花蓮最高補助2萬元，入住台東最高補助1.5萬元；每家旅行社最多申請5團。另外整合台鐵包裝國內外旅客適用的「Taiwan PASS-台鐵通用版」，推出2人同行1人免費優惠。又預計自6月1日起，台灣好行花東路線免費搭乘，台灣觀巴花東地區2折優惠。為鼓勵境外包機旅客赴花蓮旅遊，補助境外至花蓮包機費用，搭載50名外籍旅客可請領獎助，並依不同市場提供獎助額度，以帶動花東地區旅遊觀光產業發展。
交通部表示，此次強震衝擊交通設施以台鐵礁溪到花蓮鳳林坍方落石中斷，及台9線蘇花公路大清水隧道北口的下清水橋坍塌斷落最為嚴重，導致台北往花東的鐵、公路中斷。交通部為緊急應處花東陸路中斷問題，第一時間啟動海運接駁機制，航港局緊急調台北快輪及協調連江縣政府調度新台馬輪投入疏運。
交通部指出，民航局同時協調華信與立榮等航空公司於清明連假疏運的尖峰中，仍加開十餘班次疏運花蓮往返台北、台中及高雄的民眾。台灣鐵路公司全力搶修災阻，於4月4日提前恢復雙線雙向通車，以紓解民眾往返東部及返鄉掃墓旅次；公路局積極戮力搶災，台8線及台9線也於4月7日完成搶通作業。
最後，交通部強調，後續會與其他部會用心傾聽受災地方政府及受災民眾需求，共同推動災後復原重建工作，及有利於地方振興發展的重建計畫；並持續與地方攜手合作，落實各面向復原重建措施，使民眾得到最迅速、最充足、最適時的幫助用溫暖堅韌的精神，全力協助災民重建家園、紓困振興、安定人心。
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