調查小組表示，依據基金會今（2026）年3月27日董事會的決議，財政紀律事件由調查小組完成調查後，應提報董事會討論，再由董事會決定後續處置，「且董事會未有限期完成之指示。」不過由於事件引發社會高度關注，馬英九也曾公開要求調查小組須在5月27日向董事會報告，因此調查小組提前作業，於5月23日完成調查，並於隔日透過發言人對外宣布調查結論。
然而調查小組卻指出，儘管調查尚未提報董事會審議，基金會相關人員卻自行以基金會名義，對前員工提出背信、侵占等告訴，甚至詭辯是受馬英九指示；調查小組批，此行為仍屬未經董事會授權而侵犯董事會職權之舉，「應予譴責。」
調查小組進一步表示，已完成馬英九所委託的任務，而調查案件也進入司法程序，「調查小組日後將配合司法偵辦，提出調查報告協助釐清真相。」
《民視新聞網》提醒您：「任何人在依法被判決有罪確定前，均應推定為無罪」
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