兩國關係在2025年4月急遽惡化，當時阿爾及利亞指控馬利無人機侵犯領空並將其擊落。此舉引發馬利及其「薩赫爾國家聯盟」（Alliance of Sahel States, AES）盟友布吉納法索、尼日強烈不滿，紛紛撤回駐阿爾及利亞大使。雙方隨後更在2015年和平協定及西撒哈拉主權爭議上針鋒相對，關係降至冰點。
然而，這場外交僵局在多方斡旋下出現轉機。馬利外交消息人士向法新社（AFP）透露，兩國私下已接觸數月，除了尼日與多哥的調停，俄羅斯也因考量馬利邊境叛軍問題，強烈建議馬利改善與阿爾及利亞的關係。最終在今年7月10日，雙方迅速達成共識，宣布恢復大使外交關係並重啟領空。
國際危機組織（International Crisis Group, ICG）研究員 Michael Ayari 分析，雖然這次破冰是務實的一步，但要談「全面正常化」仍為時尚早，過去因軍政府政變累積的矛盾仍未完全解決。不過，兩國在邊境安全與打擊極端勢力上擁有共同利益，未來能否重建跨境安全合作與情報共享，將是關係能否真正復原的關鍵考驗。
