本屆亞運住宿安排是一大挑戰,由於籌備會提供的床位數不足,且未區分性別及房型,部分運動種類甚至僅獲配選手所需房間數。為避免代表隊住宿受到影響,運動部提前預訂名古屋市區4間飯店,共131間房、最高可容納148人,作為住宿補充方案,並另外加訂1間飯店,以利統籌安排。貨櫃屋、郵輪以及4間村外飯店,則將優先提供代表隊選手及教練入住。

醫療與運動防護同樣全面升級,團本部共配置53名醫護及物理治療、防護人員,包括醫師、護理師、物治師及防護員,人數較上屆40人增加,其中隊醫更從上屆8人提升至14人。各代表隊也均配置物治師或防護員隨隊,從賽前訓練、比賽到賽後恢復提供協助,高風險運動種類及醫療需求較高的賽事,則視情況安排醫師隨隊。
因應本屆比賽場館分散,運動部另設置名古屋、豐橋2處中繼站,以及東京1處衛星站,中繼站配置42名支援人員,較上屆13人大幅增加,並有5名駐診醫師,提供體能訓練、運動防護、護理照護、運動生理、心理、營養及膳食等服務。同時首度建置「名古屋亞運後勤預約系統」,因應場館距離較遠的問題,讓代表隊能更有效率預約、調度各項支援。

運動部自2024年8月即啟動亞運培訓作業,分3階段進行,今年7月1日起進入最後總集訓階段。此外,本屆也首度在總集訓期間提供教練及選手返家交通費補助,每月最多4次、每次最高3300元,減輕長期備戰的交通負擔。運動部表示,將持續與國家運動訓練中心及中華奧會合作,完善代表團行政與後勤支援,協助選手全力備戰、力拚佳績。
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