土耳其近年將索馬利亞打造成重要的海外據點，不僅建立了旗下最大的海外軍事基地、協助培訓部隊，還在索馬利亞海岸興建太空發射場與探勘石油。土耳其企業更負責營運首都摩加迪休（Mogadishu）的機場與海港，並在乾旱及饑荒期間提供大量人道援助。
然而，這項深度合作近期卻因索馬利亞的內部政治危機而生變。土耳其F-16戰機日前在索馬利亞南部拜多亞（Baidoa）周邊發射飛彈，協助聯邦政府部隊擊退遭罷黜官員的部隊。此外，反對派領袖 General Mahad Abdirahman 於9月3日受傷，土耳其也遭指控發動空襲，但政府方面則稱他是被屋內製作中的爆裂物所傷。
這些事件在當地引發罕見的反土耳其示威，部分民眾焚燒土耳其國旗並破壞土耳其總統 Recep Tayyip Erdogan 的肖像。反對派指出，原本用於打擊恐怖組織「青年黨」（Al-Shabaab）的土耳其無人機與軍事訓練，正被索馬利亞政府用來對付內部政敵。
對此，索馬利亞政府官員強調反對派散播不實資訊抹黑兩國關係，土耳其資深官員則表示，土耳其長期支持的是索馬利亞全體人民，而非特定政治派系，致力於跨政權的長期合作。
