日本向來被視為舉辦大型體育賽事的可靠國家，但愛知-名古屋亞運接連傳出組織疏失。賽會期間不僅發生選手被載往錯誤場館，南韓曲棍球隊出賽時更被誤播北韓球隊國歌。此外，超過1萬7000名選手與官員湧入，不僅床位不足，還有代表團抵達後在機場滯留長達6小時。
各國代表隊紛紛對主辦單位表達不滿。南韓體育與奧林匹克委員會主席 Ryu Seung-min 直言，若要評分只能給出「F」的不及格成績；泰國官員也批評賽事組織如同「大風吹」般混亂。為節省成本，本屆賽事未興建傳統選手村，改以郵輪、飯店及臨時木屋安置選手，卻引來空間狹窄與床鋪過短等抱怨。名古屋市長已公開道歉，表示將反省各項失誤。
日本奧林匹克委員會（JOC）主席 Seiko Hashimoto 承認確實存在諸多問題，但強調日本仍希望主辦更多國際大賽。不過，運動心理學教授 Hirokazu Arai 向法新社（AFP）表示，這些混亂可能削弱外界對日本的信任，使未來爭取奧運主辦權更加困難，同時也可能重新激起日本民眾對承辦大型賽事的反彈情緒。
