郭正亮在政論節目上透露，確實有風聲指出，陳建仁將會接下指揮中心召集人。總統府發言人張惇涵則表示，這完全是無中生有，憑空捏造的謠言，嚴重悖離事實，總統府、行政院也未曾有郭委員所稱討論。
不過，對於總統府嚴正駁斥，郭正亮昨晚在政論節目上堅稱「我有看到，我們人事案常常這樣啊，不用急嘛，多看幾天，讓子彈飛一飛 」。郭正亮推測，陳建仁會接掌指揮中心，這是非常適合他的位子，畢竟離開政壇一段時間，從中研院回來慢慢熟悉行政節奏，未來還有組閣的可能。
郭正亮也表示，陳建仁沒有權力慾望，不僅是個大公無私的人，同時又是國際認證的公衛專家，黨內也都認為他是一個溫暖、正派的人。陳時中最近碰到一些困難，無法有效整合各部會，而陳建仁做事比較能服眾，也比較容易跟在野黨溝通。
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