簡訊實聯制上路一個多月，不但遭法官質疑，用實聯簡訊來追查犯人行蹤，違反CDC的承諾，更有地方政府反應，想拿簡訊資料來做疫調，但給資料的數度太慢，在實務上的幫助有限。面對外界指控，行政院長蘇貞昌澄清，簡訊實聯制比紙本登記快速又安全，資料不可能被拿去亂用，時間到了就刪除。

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為了方便政府做疫調，現在進入公家機關或民營店家前，掃一下QRCode已經成為生活一部分，但之前就有法官投書質疑，簡訊實聯制不只做防疫用途。台中地院法官張淵森，日前投書批評警方，利用簡訊實聯制，掌握犯人行蹤，違反CDC只限疫調使用承諾，根本是不當行為。但律師認為，只要符合國安、公益考量，檢警可依法申請。

律師王志超說，「實務上如果檢警去向電信機關，調取相關通聯紀錄時，其實就會調取到，實聯制的相關資料，主管機關應該通令業者，將實聯制的資料，跟一般簡訊或基地台的資料分開。」面對外界疑慮，行政院長蘇貞，親上火線澄清。

行政院長蘇貞昌表示，「政府或其他單位不可能拿去亂用，嗶的資料經過一定時間，馬上NCC自動給你銷毀。」不只蘇揆掛保證，NCC也發文強調，按照法令規定，簡訊實聯制，只能保留28天，目前已發送超過6億則訊息，其中5月19號到29號的紀錄，已全部刪除，數量高達1億2000多萬則，用行動證明只做防疫用。但現在傳出，有地方政府，想利用實聯簡訊做疫調，但資訊量太龐大，實務上幫助有限。