寶吉祥佛寺設計以西藏拉薩大昭寺為典範，並將傳統元素融合於現代功能，同時涵蓋仁欽多吉仁波切建寺理念、修行境界與品味，由仁波切構思規劃，委由國際知名建築大師李天鐸設計執行，成就當代藏傳佛教經典建築。寶吉祥佛寺興建過程一切遵守法令辦理，共歷經多次環境影響評估會議，並通過水土保持計畫評估；苗栗縣政府於2019年1月10日核准興建，同年11月水土保持工程完工，隔年6月便取得建築執照。
寶吉祥佛寺9/21舉辦大殿上樑典禮，未來將是全台最大藏傳佛寺。仁欽多吉仁波切是寶吉祥佛法中心的住持上師，是直貢噶舉派800多年歷史上，唯一一位，不是經由轉世，而是此生實修證果的「漢人在家仁波切」。仁欽多吉仁波切不捨輪迴苦海中的諸多眾生，始終把利益眾生擺在第一位，為延續眾生慧命，發願建造可容納2,000人的寶吉祥佛寺。仁欽多吉仁波切珍惜眾生護持佛寺的捐款，不但想方設法幫助佛寺減少經費負擔，本身更持續不斷捐款，與弟子籌措興建佛寺經費。
大殿上樑典禮，在澈贊法王與仁欽多吉仁波切修法煙供祈福之下拉開序幕，隨後兩人於鋼樑上簽名並題字吉祥圓滿；接下來，亦在工作人員安排下拴緊鋼樑上的金螺帽，象徵佛寺將順利竣工，典禮隆重莊嚴，大約歷時一小時結束。然而特別的是，當澈贊法王與仁欽多吉仁波切一抵達會場，許多蜻蜓便圍繞著他們，在修法過程中，蜻蜓也不斷在法座前飛舞，直至修法完畢才散去，原本灰濛濛的天空霎時亦露出陽光，種種不可思議的景象，令在場人士嘖嘖稱奇。
仁欽多吉仁波切與澈贊法王於鋼樑上簽名並題字吉祥圓滿。仁欽多吉仁波切本於利益眾生的願力，建寺以環境永續為核心概念，要求將環境影響降到最低，園區總面積雖達12.3公頃，但為維護既有生態，僅用其中1.9公頃申請興建佛寺，建築面積只有0.652公頃。仁波切亦指示，園區必須抑制各種汙染，不許噴灑化學農藥、未來不提供信眾燒香燒金紙、不供應參加法會信眾餐飲，至於生活廢水經處理後，也將予以回收澆灌使用或排放，另外，園區不准燃油車輛進入，只能使用電動車，也將規劃認購綠色電力，呼應節能減碳之國際趨勢潮流。
值得一提的是，仁欽多吉仁波切也實踐當初申請興建之承諾，個人出資安排佛寺參訪團，以實際行動支持在地小農與手工藝品，並促使青年返鄉打拼，活絡在地經濟。儘管疫情期間，但仁波切仍發起認購當地有機蔬果活動。財團法人佛教仁欽多吉仁波切基金會表示，待佛寺落成，除定期舉辦祈福法會，更將建立佛教文化交流中心，以弘揚佛教文化及保存佛教文物，同時也將辦理關懷弱勢、社會救濟、急難救助、義診及醫療救助等服務。
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