地震發生當下，花蓮玉里車站火車，在鐵軌上左搖右晃，長達10多秒。
另一輛自強號列車，行經東里車站，則是呈現45度傾倒狀態，細碎磚瓦掉滿地。
台鐵花蓮運務段長吳金添表示，「那個月台雨棚整個塌下來，列車撞到那個塌下來的雨棚，造成大概5個、6個車廂傾斜。」
民眾說，「你不能好好走嗎？」
車廂內民眾想脫困，連站都站不穩，20名旅客中，只有一人受傷，其他都已被安置。
台東車站站務人員說，「退換票在那邊，很多人排的那邊。」
站務人員忙著幫旅客退票，月台大廳，更是擠滿人潮，受到地震影響，台東站到花蓮站間路線，從（9月18日）下午3點開始，全數中斷，其中台東縣客城一號橋前，鋼軌發生挫屈，東里-玉里段、富源-瑞穗段，軌道也挫屈受損，目前正在積極搶救中。
台東車站民眾說，「剛剛機票也是滿了，然後剛剛租車行瞬間也滿了，所以我們還在協調說，看看是不是除了在這邊等之外，可能真的沒辦法要再多住一天。」、「有被影響到，當然大家都退票了啊退換票，好像有聽到說鐵軌變形嘛，那感覺修應該要蠻久的吧，可能就會滯留一下囉。」
宜蘭車站班次，也通通誤點，旅客們只能聚集在大廳等待，至於台北車站的列車，也遭到地震波及。
台北車站民眾說，「聽說好像花蓮有月台倒塌，還有橋斷裂嘛，就很怕路上會耽誤。」、「誤點是還好可以接受，因為你如果地震列車它沒減速的話，也是危險啊。」
無論是南下或北上列車，都出現延誤情形，包含台東、山里、鹿野、瑞源等27個車站，都受到影響，台鐵表示，預計今晚11點59分，才會恢復正常。
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