對於國民黨的指控，陳吉仲今日表示，大家可以發現，國民黨這一、兩週針對他提出學術期刊、論文等汙名化的指控，為了維護自己的學術名譽，這些相關不實的指控，他都會去提告。
陳吉仲批，國民黨如此針對他，但自己又沒有要選舉，無非就是要掩飾張善政三年的研究報告，但是他不會把國民黨這種不符合學術標準、汙名化的方式，用在張善政3年期報告，還是會用客觀、中立、嚴謹的態度來執行相關案件，他認為，這個才是真正有一定標準。
陳吉仲強調，如果國民黨相關人員認為他的報告有問題，那可以提到相關單位，還更能夠還他清白，相關爭議還是回到學術標準來處理。
國民黨高雄市議員參選人白喬茵先前就曾指控陳吉仲在2012年執行農委會的125萬研究經費時抄襲，對此，陳吉仲則拿出iThenticate®比對系統結果反擊，其重複比例僅為3%，「這與張善政先生擔任計畫主持人的研究報告重複比例有5篇超過45%，另有一篇25%以上，是完全不同的」。
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