莊人祥表示，報導說專家會議有委員對樣本有意見，疾管署才補資料，但會議一開始主席就先請專家投票是否同意在會中提報資料，非臨時補件；第二，王任賢醫師提出計算方式是接種疫苗後不良事件和副作用計算，但疾管署用的計算保護效益，為觀察14天染疫後中重症死亡資料，跟國外都是一致，不應該混淆；第三，有關專家指有請外面的人操弄億描數據絕非事實，所提分析報告全由疾管署同仁完成，並無署外人士協助，依照公務正規方式進行分析，沒有所謂署外人士的協助。
指揮中心3點說明如下：
1.「高端公司報告」、「某臨床單位資料庫數據分析」及「疾管署大數據資料庫統計分析」共3份報告，為同時於「高端疫苗保護效益專家審查會議」上提報，做為審查資料，其中疾管署之分析報告，已先經專家同意於會中提報，非臨時補件。
2.有關媒體報導疾管署操弄數據部分，疾管署所提報告為疫苗保護效益，與其他國家做法相同，非該醫師所稱疫苗副作用之數據，兩者無法互相比較，不應混為一談。
3.疾管署所提分析報告全由疾管署同仁完成，並無署外人士協助。
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