對於近期部分藥品出現短缺，其中也包含降血脂藥「立普妥」，有臨床醫師反映，部分患者「用不慣」替代原廠藥的學名藥，但薛瑞元認為，用不慣是一個迷思，並認為「此風不可長」，他說，醫界需要鼓勵學名藥的使用，不然台灣整個健保，會被藥廠原廠「掐死」，讓藥價降不下來。薛也要三高病患別擔心，其他替代藥物，不論成效和安全性，都跟原廠一樣。
對此就有醫師蘇一峰在臉書發文提問，「學名藥和原廠藥真的沒差別嗎？」他稱，台灣去年一項研究蒐集八家醫學中心的大白肺（嚴重肺炎）病人分析，結果發現原廠抗生素的治療成功率，是台廠學名藥抗生素的3.77倍，死亡風險是0.27倍。
薛瑞元今日被記者問到學名藥的療效問題，他回答，學名藥基本上與原廠藥的藥效一樣好，會經過食藥署或FDA（美國食品藥物管理局）審查，也須經過BA/BE（藥物生體可用率與生體相等性）試驗確保藥效相等。
對於蘇一峰提到「原廠抗生素的治療成功率是學名藥的3.77倍」薛瑞元則回應，抗生素藥物的治療成果必須考慮抗藥性的問題，一款抗生素時常等到學名藥上市時，已經實際投入治療一段時間，並有可能造成部分細菌已經產生抗藥性。
薛說，實際上的使用是否有這樣的差距要依證據判斷，這中間需要科學證明，無法說原廠藥一定比學名藥好。
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