關於釣魚台的議題，柯文哲先前接受日媒《NHK》專訪時說到，台灣的民眾並不是想要那塊土地，只要可以在那裡捕魚就行，如果是那樣的話，應該是可以跟日本的意見達成一致。他今天受訪時稱，不要一直為了主權，讓台灣漁民不能捕魚，這更嚴重，自己的態度就是這樣，「先解決現在的問題，以後的問題以後再解決」。
對此，侯友宜競辦表示，「釣魚台是中華民國領土，這是事實，國家元首應該拚全力捍衛國家領土，堅持國家主權，沒有任何退讓的空間，有領土，才有領海，才有經濟海域，才能讓我國漁民自由與安全地捕魚。在主權問題未解之前，馬政府與日方簽署的『台日漁業協議』應該積極落實，才能保障我們漁民的作業不受外力干擾」。
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