關於釣魚台的議題，柯文哲先前接受日媒《NHK》專訪時說到，台灣的民眾並不是想要那塊土地，只要可以在那裡捕魚就行，如果是那樣的話，應該是可以跟日本的意見達成一致。他今天受訪時稱，不要一直為了主權，讓台灣漁民不能捕魚，這更嚴重，自己的態度就是這樣，「先解決現在的問題，以後的問題以後再解決」。
對此，侯友宜競辦表示，「釣魚台是中華民國領土，這是事實，國家元首應該拚全力捍衛國家領土，堅持國家主權，沒有任何退讓的空間，有領土，才有領海，才有經濟海域，才能讓我國漁民自由與安全地捕魚。在主權問題未解之前，馬政府與日方簽署的『台日漁業協議』應該積極落實，才能保障我們漁民的作業不受外力干擾」。
柯文哲今上午接受媒體聯訪被問到此事時表示，對他來講是務實處理問題，有次去宜蘭蘇澳跟漁民舉辦座談會，當地漁民抱怨在釣魚台地區捕魚不是被驅趕就被罰款，所以這次來東京有跟日台交流協會晚宴，傳達他們這個訊息，說有爭議後面在處理，要讓漁民可以捕魚處理問題，「所以就是先解決漁民捕魚問題，有爭議的問題你們在慢慢處理」。
媒體追問，但這話在台灣掀起很大爭議，說來這邊講討好日本人？柯文哲指出，他覺得先解決老百姓面臨的問題，解決民生的問題優先。他還說，選舉到了一定要這樣穿鑿附會，小事擴大，他都理解，但若說一定要等那些問題解決，不知道幾年以後，這段時間漁民捕魚問題怎麼解決？
柯文哲表示，對他來講還是很務實的解決老百姓每天遇到的問題，有爭議的慢慢處理，「反正也這麼多年了」。
媒體追問，被質疑是要犧牲主權換取，侯友宜也有發聲明批評。柯文哲強調，從頭到尾沒有說要犧牲主權，這就是選舉到了，前後文讀過去沒有問題，就截一段，「這是斷章取義、新聞製造業」。他更批評，「不然你們這麼多年有去解決蘇澳漁民的問題嗎？也沒有！這時候突然好像國家主權講一大堆，那你平常在幹什麼？」
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