台鐵局表示，行政院為瞭解2018年10月21日第6432次及2021年4月2日第408次事故發生迄今，相關機關對於事故調查及車廂保存的過程，於2023年9月6日召集相關單位與會檢討，決議檢警單位或運安會將事故車廂發還台鐵局時，應共同點交並建立完整點交紀錄，避免遺漏任何物件，事故車廂完成點交程序後，應由臺鐵局邀集家屬代表、檢警、運安會或專業人士等進行車廂全面清理檢視作業，待各方確認無虞後，再將車輛保留作為安全教育使用。
台鐵局說明，第一階段車廂勘驗於9月1日、4日、5日由桃園地檢署、基隆地檢署指揮鐵路警察局、台鐵局等相關單位，在富岡基地及七堵調車場完成第408次事故車廂勘驗工作。第二階段車廂勘驗及後續處理：9月11日宜蘭地檢署在富岡基地會同臺鐵局及警察等相關單位完成第6432次事故車輛1至8車勘驗工作。
台鐵局表示，9月12日由桃園、基隆地檢署指揮刑事警察局及鐵路警察局，會同臺鐵局及運安會等相關單位在富岡基地（7至8車）及七堵調車場（1至6車）完成第408次事故車廂勘驗工作。
台鐵局提到，第三階段台鐵局進行車廂全面清理：9月15日由台鐵局邀集罹難者家屬、宜蘭地檢署、鐵路警察局、運安會及內政部消防署等單位於富岡基地辦理第6432次普悠瑪號1至8車廂全面清理工作。
9月18日由台鐵局邀集罹難者家屬、花蓮、桃園、基隆地檢署、鐵路警察局、運安會及內政部消防署等單位，於富岡基地（7至8車）及七堵調車場（1至6車）辦理第408次太魯閣號事故車廂全面清理工作。
統計歷次勘驗及全面清理結果，遺留物部分第6432次普悠瑪號事故車廂計35件，第408次太魯閣號事故車廂計170件，台鐵局已於官網公告招領；另疑似遺骸部分，因偵查程序不便公開，依交通部「陸上交通事故災害防救業務計畫」由檢察官移請法醫研究所鑑定，確定罹難者，再由地檢署通知家屬，臺鐵局將全力持續關懷並協助家屬辦理後續事宜。
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