柯文哲今年8月接受專訪提及李登輝的兩國論「特殊國與國關係」議題，柯文哲表示李登輝後來教他，談兩岸應該要強調「特殊關係」，少說「國與國」。台聯黨主席劉一德駁斥，覺得柯文哲是在編造、假傳聖旨、消費李登輝；台聯秘書長周倪安怒批柯文哲也怒轟，柯文哲根本就是胡扯蛋，為了討好中國、想跟中國示好，居然胡說八道，違逆李登輝之意。
不過，柯文哲今天到雷震民主人權紀念講座演講時又再次稱，以前問過李登輝，當年怎麼提出兩國論，「那時李登輝沉默幾秒說你以後被問到這個問題，你就強調特殊，不要強調國與國」，台灣跟中國到底是什麼關係，這一題是有比較迂迴的說法。他又說，台灣跟中國如果是內政問題就內政部處理，國與國之間就是外交部處理，可是有陸委會表示台灣跟中國是特殊關係，「李登輝跟我說遇到這問題就強調特殊關係就好了」。
柯文哲再稱，當時問李登輝多特殊，李登輝說很特殊、非常非常特殊。柯文哲說，這也是處理困境的方法，不要拘泥在名詞上面，當作特殊關係，在這前提下再來看兩岸關係。
柯文哲還說，台灣畢竟是地球村一份子，不是全世界繞著台灣旋轉，要找到最佳位子，要表明態度，維護台灣目前擁有的民主自由政治體制跟生活方式這是底線，在基礎上願意跟各方交談。柯文哲稱，用兩個字形容台灣跟中國政策就是嚇阻跟溝通，國防要達到嚇阻力量，但不是叫囂反中抗中而要溝通，要相信天下沒有白吃的午餐，和平是有代價的，若不準備，只把國家命運寄託在另個國家善意是不切實際。
柯文哲表示，在這基礎上主張兩岸要交流，避免擦槍走火，「台灣被認為是世界上最危險的地方，但那兩個不認為是最危險的地方都已經發生戰爭，烏克蘭跟以色列，所以不要認為台灣一定不會有戰爭」，降低戰爭風險是必須要做的事，不管誰當政都是台灣政府重要工作。
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