應曉薇稱外交部對於此案「我行我素、不對外說明、連對外新聞稿都沒有」，外交部對此表達抗議並嚴正說明，此案已進入司法偵查階段，外交部持續在不影響案件偵查及不違反偵查不公開的原則下，本於毋枉毋縱的立場，全力協助配合司法機關的偵辦工作，不應被惡意扭曲及抹黑。
另應曉薇市議員質疑「本案4月18日已向檢調提告偵查真相，但外交部得悉後，仍於4月20日左右派政風調查團赴聖保羅進行行政調查」，意圖影射外交部擾亂檢調過程的說法，外交部更不能接受。
外交部提到，當初為釐清事情原委，外交部政風處組成專案調查小組前往巴西聖保羅實地調查，調查期間與台北地檢署承辦檢察官都有保持密切聯繫，承辦檢察官也知悉外交部前往進行相關行政調查事宜，外交部行政調查結果也在今年5月24日提供承辦檢察官。外交部在此案的行政調查作為，絕無違反政風機構執行行政調查作業要點第17點規定。
外交部重申對前駐巴西聖保羅辦事處王組長逝世的哀悼與不捨，同時籲請外界理性尊重司法檢調的相關偵辦作業與程序。
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