針對民眾黨總統候選人柯文哲，在辯論會中批評政府財政紀律問題，財政部發布新聞稿回應：在計算「預算歲入」時，借債所得金額不列為「收入」計算，因此在每年結算時，「賸餘」也不會將舉債所得款項視為「收入」。
財政部指出，當特別預算「歲出」（支出）大於歲入（收入）時，依據《預算法》規定，其短缺之融資財源，包括「舉債」及「歲計賸餘」支應其缺口，因此在計算上，「收入」包括歲入（實際收入）及舉債借款金額2項；但「年度歲計賸餘」則不包括舉債收入。
財政部指正柯文哲說法，「特別預算」借款，實際上也會算入政府債務的「未償餘額」當中；且不論總預算、或特別預算之債務舉借預算，均納入「長期債務」科目，受《公共債務法》債務上限管控；因此政府實際上仍嚴守財政紀律。
另外針對柯文哲批評債務飆升，財政部回應，近年稅收執行良好，從2016年度迄今已執行債務還本7,960億元，若再加計2024年度債務還本預算數1,150億元，累計還本將達9,110億元，持續蓄積財政韌性，支應特別預算支出需求。
財政部強調，中央政府近年持續推動開源節流、積極償還債務，債務比率自2016年的33.0%下降，至2023年11月底止，中央政府實際數比率，已下降至27.2%！
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