自然谷環境教育基地拍攝到麝香貓現蹤的珍貴影像。〈畫面來源：自然谷環境教育基地〉
自然谷環境教育基地郭蕙芳組長表示：「自然谷棲地只有1.2公頃的範圍，大約一個新竹棒球場的大小而已，但是我們發現了500多種的動植物，其中包含了20種保育類的動物，像大家熟知的穿山甲、白鼻心、食蟹獴、麝香貓，以及大概有35種的特有種植物、130種蜘蛛。」
為了維護自然谷的生態，自然谷森林平時並不對外開放。但會定時免費開放民眾參加導覽，也邀請學生到自然谷內擔任疏伐竹林、淨溪或移除小花蔓澤蘭的生態志工。2024年，清華大學學生就利用通識課的時間，來自然谷協助整理生長過於茂盛的竹林。
利用「環境信託」讓專業人員來管理土地，既能維護自然生態，又能避免土地因為私人原因遭到變賣營利。但目前全台灣僅有自然谷這一處「環境信託」棲地。歸納原因，一方面是政府不願意釋出國有地，交由環團進行「環境信託」，另一方面是台灣民間普遍存在「有土斯有財」的觀念，導致私人土地取得不易。
環保團體認為，當務之急就是宣導友善環境的耕作方式；唯有農民更加瞭解環境信託的理念，我們才能為下一代保留一片乾淨的自然。
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