媒體《風傳媒》報導，邱臣遠任代理市長期間「官架子不小」，他當時強調除了他自己說不用跟的行程，其餘都要安排人力跟，其中，邱還曾跟某位C姓女公務員說，「就連我上廁所都要跟」，讓該位女職員感到不舒服，後對邱臣遠各項言行默默蒐證。
對此，邱臣遠稍早否忍報導指控，稱相關說法皆為子虛烏有，已對他及市府的名譽造成極大傷害。為求儘速還原事實真相，我要求市府主動啟動相關調查程序；同時為捍衛個人名譽，對於不實指控的相關人士，將保留法律追訴權。
不過，這並邱臣遠首度陷性騷爭議疑雲，他任民眾黨不分區立委時，2023年台灣正發生MeToo運動，邱就被前民眾黨助理在社群指控曾對她性騷，邱將手放到她擺在大腿的左手上、用目光打量身材及腿部，邱於去（2025）年3月提告，一審敗訴；同年10月時，該名女助理在臉書發文，透露已與邱和解，同意指控內容「實屬誤會」。
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