根據官方數據，這波疫情已造成3200人感染、1405人死亡，世界衛生組織（WHO）更警告實際病例恐達報告數據的兩到四倍。在疫情重災區布尼亞（Bunia），23個醫療區、100萬人口僅靠極少數的追蹤人員把關。醫生 Dr Moubarack Kano 透露，在情況好的日子裡，也只有4輛車可供追蹤小組調度，他甚至必須開著自己的私家車去巡視診所。
追蹤小組面臨的最大挑戰是基層診所的通報漏洞。部分診所因擔心患者轉院導致收入損失，或因缺乏電話費，未依規定通報疑似病例。此外，本次傳播的「邦迪布焦」（Bundibugyo）伊波拉病毒株目前無疫苗或治療方法，且早期症狀與傷寒相似，極難察覺。
除了系統性問題，民眾的抗拒也讓防疫雪上加霜，曾有母親因不相信孩子感染伊波拉而拒絕檢測。Dr Moubarack Kano 指出，自5月15日疫情爆發以來，他與許多醫護一樣未收到薪水。對此，剛果衛生部長 Samuel-Roger Kamba 表示，政府正努力解決欠薪問題。
