根據路透社（Reuters）報導，自1999年起領導教會的牧首 Karekin II，因涉嫌拒絕執行民事法院暫時恢復被免職主教 Gevorg Saroyan 職務的命令而遭到起訴。若罪名成立，被告將面臨最高兩年的監禁。此案是該國使徒教會領導層迄今面臨最嚴重的法律挑戰。
這起審判正值教會與政府關係深陷緊張之際。總理 Nikol Pashinyan 因處理與亞塞拜然（Azerbaijan）自1980年代以來的和談問題，以及試圖帶領亞美尼亞脫離俄羅斯（Russia）勢力範圍、靠攏歐盟（EU）的政策，引發反對派與教會的強烈不滿。Karekin II 本人也曾多次呼籲總理下台。
反對派與非營利組織律師 Anna Melikyan 指出，此起訴具有政治動機，嚴重干涉了教會的憲法獨立性。智庫學者 Tigran Grigoryan 則分析，政府已將教會視為可能支持反對黨奪權的政治威脅。對此，總理辦公室與檢察官辦公室均未做出回應。
