剛果民主共和國（DR Congo）正面臨史上最嚴重的伊波拉（Ebola）疫情，烏干達衛生部表示，為防堵疫情跨境傳播，從剛果返國的烏干達公民必須自費接受21天的隔離檢疫。烏干達當局也已加強恩德培國際機場（Entebbe International Airport）與所有陸路邊境口岸的旅客篩檢，並在指定道路設置檢查站。
與烏干達相鄰的剛果自今年5月宣布爆發第17次伊波拉疫情以來，已造成超過4600人死亡。伊波拉病毒主要是透過接觸體液傳播，會引發嚴重的病毒性出血熱，目前這波疫情是由「本迪布焦病毒株」（Bundibugyo strain）引起，目前尚無專門的疫苗或特效藥物可供治療。
世界衛生組織（WHO）曾在8月正式宣布烏干達為非伊波拉疫區。烏干達境內先前記錄的20起病例（含2起死亡個案），幾乎全數曾前往剛果。然而近期非洲其他國家也陸續通報疫情，包括已出現2例死亡的肯亞，以及奈及利亞均在10月出現首例個案。
針對奈及利亞通報一名搭機自烏干達抵達首都阿布賈（Abuja）的女性確診，烏干達政府發言人 Alan Kasujja 接受法新社（AFP）訪問時駁斥患者在烏干達染疫的說法，強調烏干達目前並無伊波拉病例，認為將其與奈及利亞疫情連結十分荒謬。
