教育部將啟動合併後第一任校長遴選作業。合校後，國立陽明交通大學學生達1萬7,000餘人，教師數達1,400人，校地139公頃。初期隸屬於19個學院，此外有6個新設研究中心、1個附設醫院，共分布於9個校區。合併後雙方學術互補、學術領域更多元。
國立陽明交通大學除在傳統組織架構下執行有效的整合創新外，更將建立台灣最新穎的智慧醫療研究，結合陽明以及交大的強項，短期以共同發展AI在醫療的應用、遠距醫療、醫療機器人、物聯網與穿戴式裝置以及區塊鏈生醫Eco-system等策略；在教學上促進頂尖資訊人才及頂尖醫療人才發展共同語言以進行深度溝通，開設醫師工程師課程，以問題為導向，回到個人與社會的需求面，思考及解決健康的問題，創造台灣及世界智慧醫療新典範。
台灣現階段正處於產業轉型及提升的關鍵點，陽明大學與交通大學原各自發展的醫療與電子資訊兩大強項，將因為國立陽明交通大學的成立，成為台灣高教強強聯手的新典範以及產業更上層樓的絕佳機會。
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