12月25日日本防疫單位才剛證實，英國變種病毒已經入侵，昨天（12月26日）又新增2名變種病毒的確診者，其中1人還是首起本土個案。根據日媒報導，日本政府因此緊急宣布，從12月28日開始到1月底，將禁止所有外國人入境，但台灣、南韓以及中國等11國的商務旅客，仍然可以通行。

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日本厚生勞動省，12月26日晚間召開緊急記者會，證實變種病毒，出現首起本土個案。一名早在12月16日就從英國返國的日本機師，因為出現咳嗽症狀，自行就醫後確診感染變種病毒，還傳染給一位沒有海外旅遊史的女性家人。厚生勞動省人員說，「密切接觸者當中有1人PCR篩檢為陰性，其他還有2人在檢查確認當中。」

肺炎病毒產生變異，傳染力更強，日本防疫單位如臨大敵，匡列數名接觸者進行篩檢。國立感染症研究所脇田隆字表示，「我們能夠掌握的陽性患者大約只有10%，不可能全部都確認一遍，變種病毒案例今後還有可能增加。」

加上12月25日公佈的5人，日本已傳出多起變種病毒的確診案例，雖然目前這些感染者，並不包含外國人。但根據多家日媒報導，日本政府仍打算從12月28日開始，禁止所有國家的外籍人士入境。就算是日籍民眾，或持有留資格的外國人，也必須在入境後隔離14天。如果曾到過出現變種病毒的國家以及地區，還必須提交72小時內的篩檢陰性證明，入境時也必須進行普篩。

北里大學特任教授中山哲夫說道，「等發現的時候已經太晚了，武漢那時還有3月從歐洲傳來時也是，在不知不覺中病毒就已經進來了，最好有這樣的認知同樣的事正在上演。」