新型變種病毒Omicron恐怕比Delta更具傳染性，國內最快明年一月可開放接種第三劑。有醫師認為混打效果更好，指揮中心雖說不會限制混打品牌，但不建議BNT、莫德納混打。國際上五大藥廠正加緊研發對付Omicron的加強針。莊人祥也說，2000萬劑莫德納明年初交貨，將優先購買「Omicron次世代」疫苗。

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防範新型變異株Omicron，台灣第三劑加強針最快明年1月就會開打！指揮中心建議1到3類醫護人員、防疫人員等高風險人員，還有65歲以上長者，應該接種，至於滿18歲以上的民眾，經過醫師評估後也可接種，目前約有26.3萬人符合資格。

有專家認為混打較好，兩劑mRNA第三劑打AZ，可提高中和抗體濃度，但指揮中心不建議，也不贊成BNT、莫德納混打。

疫情指揮中心指揮官陳時中表示，「mRNA之間的混打，我們還是不贊成，莫德納就打莫德納，AZ就打AZ，AZ當然可以混打mRNA，但是mRNA我們，倒沒有建議跟AZ混打。」

衛福部預防接種組召集人李秉穎說，「我們為什麼要打第三劑，其實追求的就是它的抗體要高，到底以後是怎麼樣，我覺得還有待進一步的觀察，那你如果是先打mRNA疫苗再打mRNA疫苗，大概也不會發生什麼事，這個是有研究啦。」

因應現有疫苗對抗Omicron能力可能下降，國外藥廠像BNT和輝瑞，已經著手研發，將在100天內展開試驗生產；莫德納則估計，也需要兩到三個月，至於AZ正在變異株地點進行研究，嬌生也展開相關測試，各藥廠加緊腳步要應對新變異株。而台灣青少年第二劑確定12月要開打，先前擔心的心肌炎等副作用，觀察一段時間後，指揮中心統計累積23案，但但分析後認為沒有問題。