農委會採用與國衛院、國教院、國立臺灣大學及部分醫學中心相同之比對工具(iThenticate®)進行3年間的子報告全文比對，其中96年7篇國外農業科技發展現況研究報告、97年11篇國際資通訊科技應用報告、98年3篇國內農業科技發展規劃報告，總共21篇。該比對工具之比對範圍包括學術期刊、網頁資料及博碩士論文，比對結果歸類與系統資料庫重複度高共計6篇。
農委會指出，針對上述檢視結果，農委會已在今天上午正式行文宏碁公司及本案計畫主持人張善政先生，就疑義事項在今年9月30日前提出書面說明。
對此，張辦發言人何元楷回應，目前尚未收到正式書面說明，待收到後會更清楚農委會主張，無論如何，將坦蕩、坦然，針對農委會主張以「前計畫主持人」的角度，配合必要的釐清與說明；何元楷強調，張善政已經離開宏碁10多年，相關完整資料僅農委會手中有，不過仍會盡可能就自己手邊的有限資料，協助說明。
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