陳吉仲在臉書表示，有人點名他要出來打球，質疑他擔任農委會研究計畫主持人，「既然這樣就正式直球對決吧！ 」
陳吉仲指出，因為外界有所質疑，針對他2012年擔任計畫主持人的執行計畫《我國環境友善農業經營直接給付之研究》，「我們以iThenticate®比對系統，設定相同的條件比對，呈現重複比例僅為3%，這與張善政先生擔任計畫主持人的研究報告重複比例有5篇超過45%，另有一篇25%以上，是完全不同的」。
陳吉仲說，此次被指控重複圖表部分是政府公開地造林成果面積數據，圖表亦是根據政府數據製作長條圖，而後面參考文獻也有確實引用林務局的「平地景觀造林及綠美化計畫」。
陳吉仲強調，「我們這個研究團隊的研究人員，同時參與兩項計畫的撰寫。報告也都是研究人員自己的研究及整理。這與直接從他人的報告內容複製貼上的情況，截然不同」。
陳吉仲說，投身學術幾十年，發表過60、70篇國內外期刊論文，對於自己的期刊論文，他向來要求謹慎，「對於外界的檢視，我坦蕩蕩面對也會充分說明，我對我們的研究負責，不會退卻於似是而非的操作」。
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