據悉，中共自1999年7月全面迫害法輪功，其中葉小文就是始作俑者之一，透過妖魔化法輪功的言論煽動中國民眾的仇恨，甚至赴海外「交流」時也持續誹謗，更被曝光擔任宗教局長期間的任務是「消滅人對神的信仰」，引發國際震怒。後來葉小文在馬政府時期就被註記曾迫害宗教自由人士，不僅來台參加宗教論壇慘遭民眾抗議，也被美國在內多國政府、眾多國際組織抵制或制裁，可說聲名狼藉。
葉小文在馬政府時期就被註記曾迫害宗教自由人士。（圖／翻攝「中國宗教事務局」官網）對此陸委會指出，針對葉小文亦申請來台參加星雲法師的讚頌典禮，考量到他曾遭民間團體指控涉及迫害宗教自由，2009年來台參加「世界佛教論壇」期間，還發生民眾陳抗衝突事件，主管機關基於維護社會安定與相關安全考量，對於他後續申請入境案均未予許可。為避免引發臺灣社會不必要紛擾，並確保星雲大師圓寂讚頌典禮順利圓滿完成，因此援例未予同意其入境。
近來有消息指出，中國統戰部、國台辦等部分人員有意來台參加讚頌典禮，而陸委會為確保雙方兩岸事務主管部門的人員能順利往來，本來就有業務溝通聯繫機制，如果中國統戰部與國台辦人員有意來台，應該先行聯繫陸委會進行照會與商討，以讓雙方能根據該聯繫機制相互協處。不過陸委會至今仍未收到中國方任何申請。據《自由時報》報導，有佛教界人士透露了佛光山的申請名單，除了葉小文外，還有中共中央台辦（國台辦）副主任龍明彪與另5名中共中央台辦人員，以及4名中央統戰部官員、3名江蘇省台辦人員。
為確保星雲大師圓寂讚頌典禮順利圓滿完成，陸委會不同意葉小文入境申請。（圖／佛光山提供）
事實上另有消息指出，是因為中國出言威脅，若台灣不讓葉小文等涉迫害宗教自由的人員「繞過陸委會正當申請管道」來台，他們就乾脆也直接禁止中國佛教協會的僧眾出門。對此，陸委會也呼籲中方，星雲大師除了終身奉獻於佛教，弘揚教義外，亦長期致力於文化、教育、慈善事業之推動，對於台灣社會及兩岸貢獻良多。希望中國在此時刻，能夠與台灣民眾共同緬懷追思大師與風範，勿再政治操作，以免引起台灣民眾的反感。
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