被問到才跟宏都拉斯斷交，馬英九就訪中是否適合。柯文哲認為「這是嚴肅題目」，指出確實100萬台商在中國等原因，總是台灣跟中國有來往，法律也合法，但若以國民、政黨領袖看這件事，馬英九訪中跟蔡英文訪美時程竟然一樣，「這絕對不是巧合」。
柯文哲直言，如果各自訪問，在彼此間仍有默契的話，這就還好，但最怕的是各幹各的，「這就麻煩了」。他接著說，所以處理兩岸關係最重要的是要先有國內共識，表示這次馬英九訪中、蔡英文訪美，他作為「科學家」，認為機率上時間剛剛好不太可能，到底有意義的行動是內部有共識與否，若各幹各的，這就台灣政治危機，表示台灣是分裂國家。
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