任職立委期間，涉嫌詐領助理費，北檢去年（2022年）約談新竹市長高虹安，訊後60萬交保，今年（2023年）4月，北檢二度秘密傳喚，歷經8個月偵查，北檢認定高虹安涉及貪污，將她起訴。
北檢襄閱主任檢察官蔡偉逸說，「要求助理將多報的差額繳回，於助理配合繳回後，將款項供其個人，自行運用或挪為私用，檢察官認為被告以此方式，詐領之不法所得，總計金額為46萬30元，而涉犯貪污治罪條例，利用職務上機會詐取財物罪，及刑法使公務員登載不實罪嫌。」
高虹安被控詐領助理費，包括低薪高報、浮報加班費，甚至是要求回捐助理費，充當「公積金」，北檢認定她涉嫌將浮報的助理費，挪為個人私用，包括購買禮品、冰箱、咖啡機、雙眼皮貼、卸妝棉、頭痛藥及洗頭等等，總計詐得46萬30元，涉嫌貪污起訴，另外資策會專利案，則因為該專利並非高虹安職務完成的發明，北檢認為應屬於資策會與公司間，授權契約爭議的民事糾紛，高虹安遭控背信部分，則獲得不起訴。
北檢襄閱主任檢察官蔡偉逸說，「犯後態度不佳，又卸責給助理，請法院妥予量刑，並宣告褫奪公權。」
北檢建請法院褫奪公權，無疑是要斷高虹安後路，讓她市長的座位不保，針對高虹安涉貪遭起訴，民眾黨有話要說。
民眾黨發言人陳智菡說，「這個司法案件還在進行當中，目前看到是有部分的案件是被起訴，但是也有沒有被起訴的部分，我想高虹安市長，她會提出更多的證據，來捍衛自己的清白，捍衛自己的權益。」
國民黨主席朱立倫說，「我還是強調勿枉勿縱，不要因為政治因素，不要因為黨派不同，而去特別針對某一位縣市長，我也相信法律一定要還給，高虹安市長清白。」
高虹安涉貪起訴，如果遭判有罪，未來的市長之路，恐怕是危機重重。
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