陳佩琪昨透過臉書分享，最近上節目接受訪談， 常被人會問退休計畫，陳佩琪說有次和柯文哲聊到此計畫，柯文哲 若有所思的說：「總統府裡好像有醫務室耶， 我當選後妳可以申請去那邊當醫師啊！」
陳佩琪還笑說柯文哲這麼快就迫不及待幫我找下個工作了，「我當然知道他在想什麼，從今年二月退休後只能靠退休金過活，嘴巴常叫我不可退休，他說老婆沒了工作就沒人幫忙賺錢養家了」。
而此言論被外界砲轟「還沒當選柯文哲就開始封官？」民進黨立委林楚茵受訪則說，總統府醫務室醫生屬於國軍系統，不是總統當選人就可以編派醫務室醫生；許智傑也直言，柯文哲還沒當就開始封官，真的太誇張。對此陳佩琪今中午再透過臉書發文回應。
陳佩琪說，20年前曾短暫支援過北市府的醫務室， 那是聯醫派醫生過去的，聯醫那時是各分院獨立，應該是某院區包下，然後叫自己家醫科醫師輪流去支援。記得那時醫務室醫師請長假，自己曾去支援幾天。
陳佩琪提到先生和自己當然不知道總統府的醫務室派駐狀況， 聽說是軍醫系統去支援的，應該是輪流派駐，現在想想，若單獨招醫師長駐，有可能招到嗎？不敢說絕對沒有啦， 但應該很少吧， 至於原因應該很多醫生都知道啦。
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